The Wind Waker ocurre un centenar de años después de la derrota de Ganon en Ocarina of Time, y se sitúa en un vasto océano repleto de islas. La historia comienza cuando Link, un joven que vive con su abuela y su pequeña hermana Aryll en la isla Initia (una de las pocas que se encuentran habitadas en el Gran Mar), cumple la edad del «héroe legendario». Según la gente que vive en el Gran Mar, hay una leyenda acerca de un reino próspero con un poder dorado oculto que fue robado por Ganon para expandir la oscuridad en esas tierras. Un día, un chico vestido con ropas verdes derrotó a Ganon con ayuda de su Espada Maestra. Tras esto, el joven pasó a conocerse como el «Héroe del Tiempo» y su hazaña se volvió una leyenda. Sin embargo, un día, la oscuridad volvió a emerger y el héroe ya no regresó; los habitantes del Gran Mar desconocen qué ocurrió después en ese reino —aunque ciertamente esta leyenda es en sí la trama del juego Ocarina of Time—. Desde entonces, cuando los jóvenes de la isla Initia llegan a la mayoría de edad, son vestidos con ropas verdes para emular así al Héroe del Tiempo; con esto, los más adultos esperan inculcar en los niños la valentía que ha caracterizado al héroe legendario.
Cuando el juego comienza, es el cumpleaños de Link y, por lo tanto, éste recibe sus atuendos de color verde. El regalo de Aryll para su hermano consiste en darle permiso de usar su telescopio; coincidentemente, cuando Link mira a través de él, observa a lo lejos a una gran ave que lleva en sus garras a una niña con destino a un bosque cercano. Una vez que encuentra una espada, el joven procede a investigar el misterioso incidente. Al final, logra rescatar a la niña pero, en ese mismo momento, Aryll es secuestrada por esa misma ave. La chica que Link ha rescatado en el bosque se llama Tetra, y es la capitana de un barco pirata. A manera de agradecimiento por rescatarla, Tetra se ofrece a ayudarlo a encontrar a su hermana, por lo que ambos parten en su barco rumbo a la isla del Diablo, donde hay varias niñas secuestradas, además de Aryll. Tras un fallido intento de rescate, Link es echado del lugar y, poco después, se encuentra con un bote parlante llamado Mascarón Rojo, el cual lo rescata y le dice que Ganon, el mal de la leyenda, es quien controla esa isla. Según el Mascarón Rojo, Ganon ha vuelto de su aprisionamiento previo para volver a asumir sus oscuros anhelos de dominio sobre el reino de Hyrule, y para evitar ser derrotado nuevamente por Link, procedió a asesinar a los Sabios de la Tierra (Laruto) y del Viento (Fado) para así desactivar el poder de la espada para repeler el mal.
Mascarón Rojo le da a Link la Batuta de los Vientos, una batuta capaz de controlar el viento y moverlo en todas las direcciones, pidiéndole también que navegue el Gran Mar para buscar los Orbes de las diosas. Una vez que Link recupera los Orbes y los lleva a las tres islas triángulares, emerge del océano la Torre de los Dioses. Tras vencer al jefe Gohdan en la torre para así demostrar su valentía, Link viaja a través de un «anillo de luz» que lo transporta directamente al castillo de Hyrule, el cual está congelado en el tiempo y repleto de monstruos en su interior. El joven desciende por unas escaleras ocultas y encuentra la Espada Maestra, arma divina utilizada por el Héroe del Tiempo para derrotar a Ganondorf. Sin embargo, cuando retira la espada de su pedestal, el castillo vuelve a la normalidad al igual que todas las hostiles criaturas en su interior. Antes de regresar a la superficie, Link debe vencer a todos los enemigos que merodean en el castillo.
Ya con la Espada Maestra en su poder, Link regresa una vez más a la isla del Diablo y se encuentra ahí con Tetra y su bando de piratas. Tras esto, libera a Aryll y los demás jóvenes secuestrados, y mata a Helmaroc King, el ave que había capturado a Aryll y que era controlada por Ganondorf. Este último le dice a Link que al haber liberado la Espada Maestra, el sello que lo mantenía encerrado a él se ha roto completamente, con lo que sus poderes malignos se han restaurado en su totalidad. Aunado a ello, está el hecho de que la propia espada ha perdido su poder para repeler al mal. Cuando Ganondorf toma a Tetra del cuello y mira su collar, se percata de que ésta es poseedora del fragmento de la Trifuerza de la Sabiduría. En el instante en que éste le llama Princesa Zelda, dos Rito (también conocidos como Orni), a los que Link había ayudado durante su búsqueda de los Orbes, rescatan a Tetra y al joven y, para evitar ser perseguidos por Ganondorf, el dragón Valoo (deidad del Cielo) enciende en llamas el lugar entero.
Link y Tetra navegan de vuelta al castillo y descienden nuevamente por las escaleras, encontrándose esta vez con Daphnes Nohansen Hyrule, quien revela ser el rey de Hyrule y la voz del Mascarón Rojo. Asimismo, les da a conocer que los rezos de la gente en la leyenda, al no aparecer el Héroe del Tiempo, habían sido efectivamente escuchados por las diosas, quienes a manera de solución ante la ausencia del Héroe del Tiempo, habían apresado a Ganondorf y a Hyrule en su integridad al inundar el reino con un diluvio. A los habitantes de ese lugar les ordenaron que se refugiaran en las cimas de las montañas, mismas que ahora son las islas que se aprecian en el Gran Mar, por lo que son la única evidencia de ese legendario reino. Dicho lo anterior, el rey combina una pieza de la Trifuerza de la Sabiduría con el fragmento que se localiza en el collar de Tetra, lo cual provoca que la pirata adopte la apariencia física de la Princesa Zelda, la cual es su verdadera identidad. Al mismo tiempo, el rey descubre que la causa de que la Espada Maestra ya no posea su poder original era el asesinato de los Sabios de la Tierra y el Viento. Debido a esto, Link toca la melodía del Dios de la Tierra a Medli, y la Aria del Dios del Viento a Makar, con lo que les hace saber que ellos son los nuevos Sabios de la Tierra y el Viento, en sustitución de Laruto y Fado, los anteriores Sabios asesinados por Ganon. Sólo con los rezos de Medli y Makar es que se logra finalmente restablecer el poder íntegro de la Espada Maestra.
A continuación, Link se involucra en varias misiones distintas para encontrar y descifrar las ocho cartas de navegacion de la Trifuerza (conocidas en conjunto como «Mapa de la Trifuerza»), las cuales marcan las ubicaciones de cada una de las piezas ocultas de la Trifuerza del Valor. Una vez que éste logra encontrarlas todas en el Gran Mar, es restaurado el fragmento mencionado de la Trifuerza y se revela en ese mismo instante que Link es el Heroé de los vientos, al ser el poseedor de la Trifuerza del Valor.
Ahora con la Trifuerza del Valor en su dominio, y la Espada Maestra restaurada, Link regresa una vez más al castillo de Hyrule, donde Zelda desaparece en cuanto el joven llega. Con tal de rescatarla, el Héroe de los vientos cruza una barrera que impedía el paso más allá del castillo, con lo que es capaz de accesar a la Torre de Ganon, donde el villano aparece y da a conocer que Link es el nuevo Héroe del Tiempo y, por ello, su destino es juntar nuevamente los tres fragmentos de la Trifuerza como ocurriera en aquellos tiempos del héroe original. Tras esto, las tres piezas que conforman a la Trifuerza son extraídas de Ganondorf (Poder), Link (Valor) y Zelda (Sabiduría); la leyenda dice que quien tocara la Trifuerza íntegra vería todos sus deseos cumplidos, así que Ganondorf desea hacerse de su poder para regresar a Hyrule a la superficie de nuevo, obsesionado con ejercer el dominio completo sobre el reino. Sin embargo, antes de que toque la Trifuerza, el rey Daphnes aparece de forma repentina y toca el objeto sagrado. Tras esto, le pide a las diosas que rescaten a Link y a Zelda y que, al mismo tiempo, Ganondorf desaparezca junto con Hyrule en las profundidades del mar. La Trifuerza entonces se divide y las corrientes de agua se llevan consigo todo lo que hay alrededor de la torre.
Al percatarse de que el rey lo ha dejado con vida, Ganondorf comienza un enfrentamiento con Link. Zelda ayuda a este último al utilizar el Arco del Héroe y atacar al villano con Flechas de Luz. Cuando Ganondorf queda aturdido, el joven héroe clava su espada en la frente del malvado, y ocasiona que éste se convierta en piedra. Al finalizar entonces la batalla final, Link y Zelda flotan hacia la superficie dentro de una burbuja, desde la cual observan a Ganondorf y el rey desaparecer debajo del agua junto con el reino sumergido de Hyrule. Zelda nuevamente adopta su forma de Tetra, y navega a bordo de su barco pirata mientras que Link lo hace a bordo del ahora inanimado Mascarón Rojo, en búsqueda de una nueva tierra con el viento como su única guía. The Wind Waker es seguido por The Legend of Zelda: Phantom Hourglass.
