El argumento de The Minish Cap se centra en la historia anterior de Vaati y la Espada Cuádruple, que ya fueron elementos importantes en Four Swords y Four Swords Adventures. Los minish (ピッコル pikkoru?) son una raza de pequeñas criaturas que adoraban a un joven con ropajes verdes, una espada y una luz brillante dorada, muchos años antes de que el juego tenga lugar.8 Hay tres tipos de minish: de ciudad, del bosque y de montaña.9
La aventura comienza cuando Link es elegido por el rey de Hyrule para pedir ayuda a los minish debido a que Vaati ha petrificado a la Princesa Zelda. Link fue elegido porque sólo los niños pueden ver a los minish.10 11 Durante su viaje, rescata a Ezero, un extraño ser que se parece a un gorro verde con cabeza de pájaro, quien se une a su búsqueda y le ayudará a hacerse del tamaño de los minish cuando sea preciso. Aunque no se revela al principio, él y Vaati fueron antaño minish: Ezero, un renombrado y sabio artesano y Vaati, su aprendiz. Vaati se volvió corrupto por la locura y odiado por los hombres, tomó un sombrero mágico que Ezero había hecho para los humanos de Hyrule.12 13 El sombrero cumple cualquier deseo hecho por el que lo lleve y Vaati pidió convertirse en un poderoso guerrero. Entonces convirtió a su viejo maestro, quien intentó detenerle, en un sombrero. Con la ayuda de Ezero, Link reunirá los cuatro elementos y los usará para restaurar la espada minish y convertirla en la Espada Cuádruple,14 capaz de destruir a Vaati.15
Después de que Link le devuelva su poder a la Espada Cuádruple, Vaati transforma el Castillo de Hyrule en el Castillo de Hyrule Tenebroso: la última mazmorra del juego. Tras drenar todo el poder de la Luz de Zelda, Link lucha contra Vaati. Link vence a Vaati tras participar en una lucha en la cual Vaati sufre distintas transformaciones. Cuando Link y Zelda huyen del castillo, que se está derrumbando, se topan con Vaati de nuevo, el cual adopta la forma definitiva y tiene lugar la batalla final del juego. Tras la batalla, Ezero recupera su forma original.16 A continuación, le entrega a Zelda el sombrero de los deseos y le deja que pida un deseo. La gente afectada por la maldición se recupera y el castillo vuelve a la normalidad. El gorro flota con el poder de la vida y desaparece. Ezero le da a Link un nuevo sombrero y le cuenta que ha disfrutado mucho viajando con él, luego se marcha justo antes de que el mundo minish se cierre.
