Aproximadamente diez años antes de los eventos acontecidos en Ocarina of Time ocurrió una guerra conocida como la «Guerra civil de Hyrule». A causa de ella, una madre desesperada por proteger a su bebé, decidió dejarlo en un espeso y recóndito bosque con el fin de que creciera a salvo.40 En dicho bosque, habitan varios niños que tienen sus propias hadas guardianes, las cuales se les fueron otorgadas a su vez por el Venerable Árbol Deku, el guardián del bosque, a excepción de un niño: el pequeño hijo de aquella mujer.41 Este niño se llama Link y, debido a que no posee un hada, los demás Kokiri se burlan de él y lo menosprecian.42Un día, un moribundo Árbol Deku le envía a Link un mensaje con la hadaNavi. El juego comienza cuando Navi despierta a Link de una pesadilla: en ella, Link observa durante una noche tormentosa cómo un hombre montado en un caballo —el cual resulta ser Ganondorf—, persigue a laPrincesa Zelda junto con su niñera Impa, quien cabalga también en un caballo. Navi le avisa a Link que debe ir con el guardián de su aldea, elVenerable Árbol Deku, pues este se encuentra moribundo a causa de una maldición;43 más tarde, el propio Link deshace la maldición, pero no es capaz de evitar que el árbol muera. Antes de fallecer, el Árbol Deku le informa que un «perverso hombre del desierto» fue quien lo maldijo, y que además planea conquistar toda la tierra de Hyrule, por lo que el muchacho debe detener sus planes. Asimismo, le entrega la Esmeralda Kokiri —considerada como la «Piedra Espiritual del Bosque»— y lo envía al castillo de Hyrule para que pueda hablar con la «princesa del destino»: Zelda.44
Una vez en el castillo, Link conoce a Zelda, quien ha tenido múltiples sueños en los que vislumbraba el futuro de la tierra de Hyrule, así como la llegada de Link. Ella cree que Ganondorf, el Rey de las ladronas Gerudo, está buscando la Trifuerza, una reliquia que se encuentra en el Reino Sagrado y la cual es capaz de otorgar poderes similares a los de una divinidad a quien la posea. La descripción que Zelda le da a Link sobre Ganondorf encaja con la apariencia del hombre que mató al Venerable Árbol Deku. Zelda le pide al muchacho que recupere las tres Piedras Espirituales —una de las cuales el joven ya posee—, para poder ingresar al Reino Sagrado y así reclamar la Trifuerza antes de que Ganondorf pueda encontrarla.45 Link se va a la ciudad de los Goron, donde conoce a Darunia, el líder de la raza de los Goron. Después de que Link asesina a King Dodongo, el jefe de la cueva de los Dodongo, Darunia le hace entrega del Rubí Goron, la «Piedra Espiritual del Fuego», que simboliza la hermandad. Poco después, Link obtiene el Zafiro de los Zora, la «Piedra Espiritual del Agua», por parte de Ruto, la princesa de los Zora, después de que el valiente joven la rescata de la barriga de Lord Jabu Jabu, una criatura semejante a una ballena que es una deidad para los Zoras; cabe añadirse que el hecho de recibir el Zafiro de los Zora simboliza un matrimonio entre Link y Ruto.
Link regresa al castillo y observa cómo Ganondorf persigue a Zelda montado en un caballo, tal y lo como veía en sus pesadillas al inicio del juego. Cuando ve a Link, Zelda le arroja la Ocarina del Tiempo, pero ésta cae a un foso. Debido a ello, la princesa le enseña telepáticamente al muchacho la «Canción del Tiempo». Link intenta detener a Ganondorf, sin embargo un relámpago lo azota contra el suelo. Ganondorf admira la valentía del joven, pero le advierte que no intervenga con sus planes. Una vez que el malvado hechicero se marcha, Link utiliza la Ocarina del Tiempo junto con las Piedras Espirituales para así abrir una entrada e ingresar al Reino Sagrado. Detrás de dicha puerta, Link encuentra la Espada Maestra, un arma que fue forjada para derrotar al mal. Al momento de sacar la espada de su pedestal, Ganondorf aparece en escena, ya que este siguió a Link hasta el Reino Sagrado para poder reclamar la Trifuerza como suya.46
Siete años después, un Link más maduro despierta en una sala conocida como la «Cámara de los Sabios» donde conoce a Rauru, el antiguo Sabio de la Luz y uno de los siete sabios que protegen la ubicación de la Trifuerza. Rauru le informa a Link que su espíritu fue sellado durante siete años hasta que se hiciera lo suficientemente mayor como para poder esgrimir la Espada Maestra y derrotar a Ganondorf.47 También es revelado que los siete sabios son los únicos capaces de encarcelar a Ganondorf en el Reino Sagrado; no obstante, cinco de los siete sabios no son conscientes de su identidad desde que Ganondorf transformó Hyrule en una tierra de tinieblas. Link regresa a Hyrule y conoce a una misteriosa mujer llamada Sheik, quien guía a Link a cinco templos repletos de los secuaces de Ganondorf, a los cuales el joven tiene que derrotar para así liberar el poder de los templos que habrá de despertar a los sabios.48
Después de despertar a cinco sabios, Sheik se revela como la Princesa Zelda, así como la séptima sabia. Le cuenta entonces a Link que el corazón de Ganondorf está desequilibrado, lo cual ocasionó que la Trifuerza se dividiera en tres piezas, tal y como se predijo en una antigua profecía.49 Ganondorf conservó la Trifuerza del Poder, mientras que los otros dos individuos elegidos por el destino llevan consigo las otras dos piezas: Zelda obtuvo la Trifuerza de la Sabiduría y Link la Trifuerza del Valor. Posteriormente, Zelda le entrega a Link las Flechas de Luz mágicas y Ganondorf secuestra a la princesa en un cristal mágico y la lleva hacia su torre. Los otros seis sabios le ayudan a Link a entrar en la torre, en donde finalmente libra una batalla con Ganondorf de la cual sale victorioso, liberando así a Zelda de su encierro. Después de escapar del castillo que se encuentra derrumbándose, Link es atrapado en el castillo por un anillo de fuego y obligado a luchar contra Ganondorf una vez más; esta vez, utilizando el Poder que le otorga la Trifuerza del Poder, Ganondorf se transforma de su forma humanoide Gerudo a un monstruo llamado Ganon. Dadas las circunstancias, Link lucha con Ganon sin la Espada Maestra (aunque luego la recupera) y, con la ayuda de la luz paralizante de Zelda, derrota a Ganon. Los siete sabios capturan entonces a Ganondorf y lo envían al Reino Oscuro que su mal creó; aún con la Trifuerza del Poder, Ganondorf jura vengarse con sus descendientes.50 Zelda utiliza la Ocarina del Tiempo para enviar a Link a su época original para que de esta forma viva su infancia, al punto exacto en el que Navi se marcha. La historia del videojuego finaliza con una vista de Link y Zelda mirándose en el jardín del castillo.51
