La historia de Twilight Princess comienza con la imagen de Link, un joven campesino que trabaja como ayudante en la granja del pueblo Ordon. Un día, los niños salen persiguiendo a un mono que estaba causando estragos, hacia el bosque. El joven los rescata. Cuando se dirige hacia Hyrule a llevar los regalos, es atacado por un monstruo que secuestra a los jóvenes. Link atraviesa un misterioso muro, gracias a una mano que lo atrapa. Poco después, se entera que ese paraje es conocido como el Reino Crepuscular, y que toda criatura y sitio que existe en él constituye una versión oscura y corrupta de lo que es el reino pacífico de Hyrule. Al despertar, un Link en forma de lobo se encuentra asimismo aprisionado en el Castillo de Hyrule, de donde es liberado por un extraño ser llamado Midna, quien lo conduce hasta donde se encuentra la Princesa Zelda. Esta última le explica a Link que Zant, rey de la raza Twili, ha conquistado Hyrule tras haber derrotado a los «espíritus de la luz». Para restablecer el reino a la normalidad, Link debe recuperar las «lágrimas de la luz» de estos espíritus, con tal de devolver la luz a los diferentes rincones de Hyrule, ahora ensombrecidos por los efectos del crepúsculo. Conforme el joven cumple esta misión los espíritus le van devolviendo su forma humana. Asimismo, otra de sus misiones principales es ayudar a Midna a recuperar las «sombras fundidas», objetos portadores de una poderosa magia con los que busca vencer a Zant.
Tras restablecer la luz en el reino y hallar las «sombras fundidas», Zant ataca a Link y a Midna, consiguiendo robarles las sombras fusionadas. Antes de partir en su búsqueda, Zelda le recomienda a Link que primero encuentre la Espada Maestra. Después de localizarla, Midna lo lleva hasta el lugar donde se encuentra el Espejo del Crepúsculo, el único vínculo conocido entre Hyrule y el Reino del Crepúsculo. Sin embargo, para su sorpresa, el espejo ha sido roto por Zant; los sabios les explican que el rey del crepúsculo intentó destruirlo por completo, pero no lo consiguió puesto que sólo el líder legítimo de la raza Twili tiene la capacidad de destruir el espejo por completo.
Con el objetivo de restaurar el espejo, Link y Midna parten en una nueva misión para encontrar los fragmentos dispersos del espejo. Previo a ello, los sabios le confiesan a Link que Midna es la reina legítima de la raza Twili; Zant la hechizó para así usurpar un poder que jamás le habría correspondido. Una vez reunidos los fragmentos, los unen y se transportan al Castillo del Crepúsculo. Al llegar se encuentran con Zant, quien les notifica que la fuente detrás de todos sus poderes es su dios Ganondorf. Tras derrotar al primero, Link y Midna parten rumbo al castillo de Hyrule donde se encuentra Ganondorf. Sin embargo, debido a que es muy poderoso, Midna decide teletransportar a Link y la princesa para evitar que resulten heridos en el enfrentamiento. Al final, Ganondorf derrota a Midna, por lo que Link libra una serie de batallas contra él, obteniendo la victoria tras asesinarlo. Poco después, los espíritus de la luz resucitan a Midna y ésta usa el espejo del crepúsculo para regresar a su hogar. A medida que atraviesa el portal, el espejo es destruido en su totalidad, desapareciendo la única conexión entre ambos reinos. Al poco tiempo, la Master Sword es regresada al pedestal y los niños regresan a Ordon. Sin embargo, Link no se queda, pues en una escena él es visto alejandose de ahí con Epona y poco después se muestra el interior del trono, lo cual significa que está reconstruido. Esto puede indicar que Link se esté dirigiendo allá pero aún no es confirmado.
