Tras los sucesos de A Link to the Past, Link siente la necesidad de viajar lejos de Hyrule para entrenarse y así poder combatir nuevas amenazas.Durante una tormenta, el barco en el que viaja naufraga, arrastrando a Link hasta las playas de la Isla Koholint (コホリント島 Kohorinto-tō). Allí despierta en la casa de un hombre llamado Tarin que vive con su hija Marin, quien lo encontró en la playa inconsciente y lo llevó a casa. Marin está fascinada con Link y el mundo exterior y le cuenta con nostalgia que le gustaría ser una gaviota para poder cruzar el océano algún día y cantar para el resto del mundo. Tras recuperar su espada en las playas de Koholint, un misterioso búho le explica a Link que para volver a casa debe despertar al guardián de Koholint, el Pez Viento (かぜのさかな Kaze no Sakana), que duerme en un huevo gigante en lo alto de la Montaña Tal Tal. Sólo podrá ser despertado si se tocan los ocho instrumentos de las Sirenas ocultos en la isla. Por todo Koholint, criaturas horribles intentarán impedir que Link despierte al Pez Viento dado que quieren gobernar el mundo imaginario creado por sus sueños.
Tras conseguir el sexto instrumento, Link descubre la horrible verdad sobre la isla. En unas ruinas, encuentra un relieve en una pared con una imagen del Pez Viento y unas palabras que le advierten de que si despierta al durmiente, la isla se desvancerá como una burbuja. Link debe enfrentarse al dilema de despertar o no al Pez Viento. El búho le tranquiliza y le dice que siga su instinto. Link deberá continuar su aventura si quiere saber si es en verdad un sueño, lo que no sabrá hasta que despierte.
Una vez reunidos los instrumentos, Link escala a lo alto de la Montaña Tal Tal, se sitúa enfrente del huevo gigante donde duerme el Pez Viento y toca la Balada del Pez Viento con su ocarina y los ocho instrumentos. El huevo se abre y Link entra para enfrentarse a la Pesadilla, el cerebro causante de todo el caos en Koholint, la cual tiene el poder de adoptar distintas formas.Tras vencerla, el búho visita a Link por última vez. Le explica que es parte del espíritu del Pez Viento y guardían de su mundo de ensueño. Todo estaba tranquilo en el sueño hasta que las pesadillas empezaron a invadirlo. Ahora que Link ha vencido la última de las Pesadillas ya puede despertar al Pez Viento. El búho se despide dado que su misión en el sueño ha finalizado y desaparece.
De repente, aparece el Pez Viento. Le cuenta que en sus sueños había aparecido un mundo entero, pero no podía despertar debido a las pesadillas.Como es normal en los sueños que lleguen a su fin, cuando despierte, Koholint desaparecerá. Le ordena que toque de nuevo con los instrumentos la «Balada del Pez Viento» o la «Canción del Despertar». Link obedece y lentamente la isla entera y sus habitantes se desvanecen. Tras esto, Link se encuentra rodeado de maderas flotando a la deriva en mitad del océano, con el Pez Viento volando por encima de él. Si el jugador no pierde ninguna vida durante el juego, aparece Marin volando en forma de gaviota al acabar los créditos del juego. Por lo que finalmente, su deseo se hace realidad tal y como se lo dijo a Link al inicio del juego.
