Como en Seasons, la Trifuerza llama a Link. Link es transportado a un bosque en la tierra de Labrynna, donde escucha unos gritos. En un claro del bosque, encuentra a una mujer rodeada de monstruos. Cuando los monstruos ven a Link, se dispersan en todas direcciones. La mujer es la aya de la Princesa Zelda, Impa, que le pide ayuda para buscar a una cantante.12 Tras andar un trecho por el bosque, encuentran a una joven con pelo azul cantando sobre el tocón de un árbol. Su nombre es Nayru. De repente, una sombra surge del interior de Impa y se presenta comoVeran, Hechicera de las Sombras. Veran se introduce en el cuerpo de Nayru y la posee. Más adelante se revela que Nayru es el «Oráculo de los tiempos»; su secuestro provoca un trastorno en la transición del tiempo en Labrynna.12
Link recibe una espada de Impa y comienza a recorrer la región hasta llegar donde el Árbol Maku en la Ciudad Lynna, la capital de Labrynna.13 El Árbol Maku desaparece a causa de las acciones de Veran, Link usa un agujero en el tiempo para viajar al pasado y salvarlo. El Árbol Maku le dice a Link que necesitará las ocho «Esencias del Tiempo» para vencer a Veran. A partir de esto, Link comienza la búsqueda de las Esencias, escondidas en ocho mazmorras por todo el pasado y presente de Labrynna. Tras reunir la sexta, se le informa a Link que tendrá una oportunidad de salvar a Nayru, consistente en invadir el Castillo de la Reina Ambi y eliminar el espíritu de Veran (el cual posee ahora a Nayru). Al hacer esto, Veran posee luego a la Reina Ambi. Link consigue las Esencias restantes y las lleva al Árbol Maku, quien las usa para crear la «Gran Semilla Maku» que permite a Link entrar en la «Torre Negra» de Veran.14 Link asciende a la torre y vence al hechicero, tras lo cual rescata a la Reina Ambi. Al final, Nayru le cuenta que todo ha vuelto a la normalidad.15 Las gemelas Birova, observando la situación desde la lejanía, sostienen que Veran ha encendido la «Llama de la Agonía».
