Argumento
Majora's Mask comienza con Link cabalgando a su yegua, Epona, a través de los Bosques perdidos después de los eventos ocurridos en Ocarina of Time. Él está en búsqueda de su hada Navi cuando repentinamente, un enmascarado Skull Kid junto a unas hadas, Taya y su hermano Tael, roban a Epona y la Ocarina del tiempo a Link, cuando Link se da cuenta corren a una cueva oscura. Link los sigue, y cae por un profundo agujero siendo esto un claro guiño a la obra literaria de Lewis Carroll: "Alicia en el País de las Maravillas". Al final del agujero, se vuelve a encontrar con Skull Kid, que convierte a Link en un niño Deku, huyendo junto con Tael, pero dejando a Taya atrás. Enfadada por la traición, Taya acuerda ayudar a Link.
Link sigue al Skull Kid por la oscura cueva hasta la Torre del reloj en Termina. Ahí conoce a un Vendedor de Máscaras Felices, que dice que puede ayudar a Link si este recupera la Ocarina del tiempo y la Máscara de Majora que Skull Kid le robó a él. El Vendedor le aclara que se irá del pueblo en 3 días, por lo que Link debe recuperar la máscara antes de ese tiempo. Link y Taya salen de la torre de reloj en el centro de la Ciudad Reloj.
Es entonces cuando Link ve que Términa es una especie de tierra paralela a Hyrule en la que todos los habitantes de dicho mundo tienen un homónimo en éste, con diferentes estilos de vida y personalidades. Además, se entera de varios eventos que curiosamente coinciden con el límite de tres días: unos novios que están a punto de casarse, y un festival que se celebra en todo el pueblo. Sospechosamente, varios personajes también reportan que la Luna parece estar cada vez más cerca.
Link se entera que la luna colapsará sobre Termina en tres días. El tiempo pasa y Link consigue llegar hasta a Skull Kid y Tael a la medianoche del tercer día en la cima de la Torre del reloj. En ese momento no puede conseguir arrebatarle la máscara de Majora, pero consigue recuperar la Ocarina del Tiempo, la cual le había sido otorgada por la Princesa Zelda antes de que dejara Hyrule, entonces toca la Canción del Tiempo, la cual lo envía de regreso al momento en que llega a Termina.
El Vendedor de Máscaras le enseña a Link la canción de curación, (cancion que se volvió ícono de este titulo), la cual regresa a Link a su forma humana dejando tras de sí la máscara Deku. Link entonces le muestra al vendedor que no ha conseguido recuperar la máscara de Majora, cosa que enfurece al vendedor. Luego, El vendedor de máscaras, le cuenta a Link que la máscara de Majora tiene un demoniaco poder apocalítptico dentro de ella y que fue alguna vez usado por una antigua tribu en un ritual de brujería. Los Antiguos, temiendo catástrofes causadas por su gran poder, "sellaron la máscara en las sombras para siempre" para evitar su mal uso. Esta tribu se desvaneció en el tiempo y el origen y naturaleza de la máscara se perdió. En uno de sus viajes, el Vendedor logró hacerse con ella como reliquia de colección, pero Skull Kid se la robó, y ahora manipulado por la máscara de Majora, es responsable de la Luna que amenaza con destruir Termina, así como de otras muchas desgracias que padecen los habitantes de dicho lugar.
Link viaja a los cuatro puntos cardinales de Términa: El pantano, donde hay un volcán y en su cráter una laguna llamada Bosque Catarata, al Pico Nevado, a La Gran Bahía, y al valle Ikana. Se encuentra con varios conflictos a resolver en cada lugar provocados directa o indirectamente por Skull Kid, teniendo finalmente que afrontar un templo en cada lugar, derrotando a un Jefe revivido por Majora en cada uno que le otorga a Link el poder de uno de los Cuatro Gigantes que según las leyendas pueden salvar Termina. Una vez los cuatro jefes vencidos y los espíritus que sus máscaras encerraban liberados, Link llama a los Gigantes con una canción otorgada por ellos llamada Oda al Orden (Oath to Order en inglés), quienes a las doce de medianoche del tercer día detienen la luna en su trayectoria hacia Termina. Derrotado Skull Kid, la máscara de Majora se levanta sola, separándose de él y entra en la luna poseyéndola y dándole más poder. Link sube a la luna en un espacio onírico, de ensueño, donde junto a Taya, Link sigue y derrota a la máscara de Majora, devolviendo así la luna a su lugar. Los Cuatro Gigantes regresan a su sueño y Taya se reúne con Tael y el liberado Skull Kid. El vendedor de máscaras toma la máscara de Majora y declara que esta ha sido purificada de su maldad, y tras unas palabras, desaparece con ella siguiendo su viaje. Link cabalga de vuelta sobre Epona mientras la gente de Termina celebra el Carnival of Time, y el amanecer de un nuevo día. El juego termina con una escena de los créditos representando un dibujo en un muñon de árbol de Link, Tatl, Tael, el Skull Kid y los Cuatro Gigantes. Cuando esto es mostrado, un pedazo de la canción de Saria es tocada como fondo, cerrando así la gran metáfora en torno a la amistad que durante todo el juego se ha ido tratando. Se dice que Skull Kid es el Skull Kid al cual Link le enseña Saria's Song en Ocarina Of Time para conseguir una pieza de corazón. Esta teoría surge porque cuando Skull Kid roba la Ocarina dice "ese chico..." y al final, antes de los créditos Skull Kid dice entre risas "Tú hueles igual al niño que me enseñó aquella canción en Lost Woods". "Aquella" ("that" en inglés) puede referirse a Saria's Song, y por esa razón es que suena al final del juego.
